Dr Łukasz Rąbalski z Uniwersytetu Gdańskiego (UG) jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2, wyizolowanego bezpośrednio od polskiego pacjenta i opublikował ją w globalnej bazie danych GISAID.
„Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę Polskę w swoich badaniach związanych z epidemiologią choroby COVID-19. Jest to ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa i w przyszłości może się przyczynić do wytypowania szczepionki oraz leków. Do tej pory w GISAID, w największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta” – podkreśliła rzeczniczka UG Beata Czechowska-Derkacz.
Sekwencja genetyczna zawiera wiele ważnych informacji np. jak wirus „oszukuje” organizm człowieka, osłabiając jego odporność.
„Dzięki wyizolowaniu takiej sekwencji, czyli odkodowaniu wirusa, możliwe jest lepsze poznanie właściwości wirusa, m.in. jego pochodzenia zarówno w kontekście ewolucyjnym, jak i geograficznym” – wyjaśniła Czechowska-Derkacz.
Materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki, mieszczącej się w 7. Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Jest to laboratorium, które powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański.
Rozkodowany wirus
Przy rozkodowaniu wirusa od polskiego pacjenta z Pomorza zastosowana została najnowsza generacja sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies, co oznacza brak dodatkowych procedur, które mogą wprowadzać zniekształcenia. Wykorzystane zostały też protokoły bioinformatyczne, opracowane wcześniej przez naukowców ARTIC do gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa Ebola w Afryce.
„Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie. W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa” – wyjaśnił dr Rąbalski.
Aktualnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku. W ciągu najbliższych dni zaplanowano wysyłanie kolejnych sekwencji.
źródło: PAP – Nauka w Polsce
